Corentin BLANCHAIS « Implication du système Xer dans la dissémination de gène d’antibiorésistance parmi les plasmides d’Acinetobacter baumannii»

Acinetobacter baumannii est un pathogène nosocomial émergent à l'échelle mondiale, responsable d'un large éventail d'infections, notamment dans les unités de soins intensifs. Cette bactérie est surtout connue pour être multirésistante aux antibiotiques et capable d’acquérir facilement de nouvelles résistances dont, de manière inquiétante, des résistances aux carbapénèmes. Chez A. baumannii les plasmides sont largement impliqués dans l'émergence de la résistance aux antibiotiques, notamment en facilitant le transfert horizontal de gènes de résistance aux antibiotiques entre les bactéries. Les premières analyses génomiques de la diversité des plasmides d'A. baumannii ont révélés que les plasmides Rep_3 abritent des gènes adaptatifs dans des régions variables, dont l'acquisition ou la perte impliquerait la voie de recombinaison Xer. Un exemple illustratif est le plasmide pABV01, portant le gène blaOXA24 (conférant une résistance aux carbapénèmes) flanqué de sites de recombinaison Xer inversés, appelé xrs. Bien que le squelette de ce plasmide ressemble étroitement à d'autres précédemment décrits, la région flanquée de deux sites xrs présente une variabilité. A ce jour des structures de type « cassette-xrs » sont retrouvées dans une très large gamme de type de plasmide Rep_3, contenant parfois des gènes de résistance à des antibiotiques divers.
Lors de ma thèse j’ai testé cette hypothèse afin de montrer que les cassette-xrs sont capables de se déplacer parmi les plasmides Rep_3. Dans une première partie nous avons étudié en profondeur l’interaction du système Xer d’A. baumannii avec les xrs portés par les plasmides. Nos résultats montrent que le système Xer d'A. baumannii est un système classique de résolution de dimères de chromosomes et que la plupart des séquences xrs trouvées sur les plasmides d’A. baumannii sont de véritables sites de recombinaison Xer (xrs). Nous montrons également que les plasmides d'A. baumannii forment des coïntégrats via une recombinaison Xer entre des xrs compatibles et actifs. Nous prévoyons d’ailleurs que deux plasmides Rep_3 portants chacun une cassette-xrs peuvent échanger leur cassette-xrs par la succession de la cointégration des plasmides puis la résolution du coïntégrat. Dans la seconde partie de ma thèse, j’ai testé cette hypothèse dans la souche AbAYE. La souche AbAYE contient, entre autres, deux plasmides de type Rep_3, p1AYE et p2AYE. Par des tests in vitro, nous avons montré, en laboratoire, que les cassettes-xrs
constituent un nouveau système de dissémination de gènes et que ce système exploite la recombinaison Xer.