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Professeur Jernej Ule*
Title: From protein-RNA interactions to their functional models
Charlotte Capitanchik1,2, Ira Iosub1,2, Michael Jones1,2, Hannah Jones1,2, Jernej Ule1,2
1. The Francis Crick Institute, London, United Kingdom
2. UK Dementia Research Institute, King’s College London, London, United Kingdom
Abstract : Post-transcriptional regulation depends on a complex choreography of protein–RNA interactions whose positional logic and combinatorial organisation remain difficult to decode at scale. Crosslinking and immunoprecipitation (CLIP) — particularly iCLIP — addresses this by enabling high-confidence mapping of these interactions at nucleotide resolution. I will present how we leverage these binding maps to derive positional regulatory principles (RNA maps) and reconstruct interaction networks through integrative analysis of multiple data types. Uniform data curation and interactive, multi-layered visualisations, delivered through a web-based platform (flow.bio), underpin this approach. I will further describe computational models that illuminate combinatorial protein–RNA assemblies and their roles in regulating pre-mRNA splicing and mRNA translation, as well as the evolutionary trajectories of these interactions.* Le professeur Jernej Ule est membre de l’EMBO. Il dirige le laboratoire RNA Networks. Il est également Directeur du UK Dementia Research Institute au King’s College London. Son équipe étudie l’importance des réseaux d’ARN dans la coordination de la différenciation et des fonctions neuronales, notamment en lien avec l’assemblage et le fonctionnement des complexes ribonucléoprotéiques (RNP) et leur dérégulation dans la sclérose latérale amyotrophique (SLA). Ces dernières années, son groupe a développé de nouvelles méthodes d'analyse du transcriptome, telles que l’iCLIP, pour étudier les mécanismes qui contrôlent l’épissage alternatif et la localisation des ARN dans les neurones, pour caractériser la fonction de plusieurs protéines de liaison à l’ARN impliquées dans la SLA, et comprendre comment certaines mutations peuvent modifier les fonctions des RNP et contribuer ainsi à des maladies ou à l’évolution.
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